學校1998年，經德州市政府批準，德州市醫學科學研究所、德州市復退軍人醫院先后整建制劃歸德州衛校，在此基礎上，學校創建了附屬醫院，使教育資源進一步優化，增強了辦學實力，擴大了辦學規模，成為我省集教學、臨床和科研為一體的重要的醫學教育基地。1999年被山東省人民政府命名為省部級重點中專學校，2004年被教育部認定為國家級重點中等職業學校。

德州衛生學校專業設置

學校現設有護理、英語護理、助產、康復技術、醫學檢驗、衛生保健、家政衛生、眼視光技術、口腔工藝技術、計劃生育、中西醫結合、中醫針灸等十二個專業，其中護理和中西醫結合專業為中專教育的骨干專業。 　近幾年，學校在立足辦好中專教育的同時，積極與高校聯合創辦高等教育，1995年以來，先后與山東醫科大學、濱州醫學院、濰坊醫學院、宜春學院、滄州醫專等高校聯合辦學，舉辦了高等護理本科班和多個專業的專科班，收到了良好的社會效益。2000年，經省教育廳、省衛生廳批準，我校又與北京大學成功合作，成立了北京大學醫學網絡教育德州學院，充分利用北京大學名牌優勢和遠程教育平臺系統，實施繼續教育和學歷教育。目前，以聯合辦學的形式正開設的有臨床醫學、高等護理兩個專業的本科班和臨床醫學、高等護理、中西醫結合、醫學檢驗、口腔工藝等五個專業的專科班。